（108年8月21日農企字第1080232427號函）
一、查農業發展條例（以下簡稱農發條例）第38條之1規定，係考量農業用地因都市計畫而變更為非農業用地之土地，須經都市計畫主要計畫及細部計畫發布程序，且尚須依指定方式開發，爰對於是類土地仍維持作農業使用且符合該條所定要件者，於移轉時得依該條規定由都市計畫機關審認申請土地符合本條第1項第1款或第2款規定且核發分區證明，並向農業主管機關申請核發農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書後，檢具該等證明文件，向主管稽徵機關申請相關賦稅優惠。
二、按申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法（以下簡稱容許辦法）係針對農發條例第8條之1第2項所定農業用地上興建有固定基礎之農業設施，並依據同條第3項授權訂定，就農業設施興建之種類、興建面積與高度、申請程序及其他應遵行事項予以規範，故屬農業用地之土地，始有容許辦法之適用。
三、基於農發條例第38條之1規定係為土地移轉之稅賦優惠，且該土地已非屬農業用地，而容許辦法係規範農業設施，且以農業用地為適用範圍，二者規範之目的不同、適用之土地亦有別，故農發條例第38條之1土地應無容許辦法之適用，爰本會94年8月30日農企字第0940145612號函、95年11月8日農企字第0950162030號函、98年2月24日農企字第0980109258號函、以及102年11月8日農企字第1020732757號函自即日停止適用。
四、另，依據內政部營建署97年4月1日營署都字第0970017141號及前揭號函，旨揭土地已變更為非農業區或保護區之其他使用分區，如擬作新使用或設置新設施，不得違反該變更後之土地使用分區管制規定；至變更前已存在之合法使用及設施，未能符合變更後之土地使用分區管制規定者，依都市計畫法第40條及同法臺灣省施行細則第31條規定，得繼續為原來之使用，惟除准修繕外，不得增建或改建。是以，旨揭土地倘存在農業用地經依法律變更為非農業用地前符合原來使用之農業設施，得繼續為原來之使用，農業主管機關得依據農發條例第38條之1規定，以現況認定符合作農業使用，核發農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書；至屬農業用地經依法律變更為非農業用地後始興建之設施，須洽都市計畫主管機關依該變更後之土地使用分區管制規定辦理，又該設施倘經申請人檢具合法使用證明文件（例如建築執照），農業主管機關得依實際現況審認該設施係屬農業設施且土地符合作農業使用，始據以核發農業發展條例第38條之1土地作農業使用證明書。
